Atektoniczny ołtarz pw. świętego Jana Nepomucena wykonał Johann Riedel SJ. Antepedium ozdobione wiciami akantu zawiera napis ligaturowy zumieniem świętego Jana Nepomucena „S. /JOHANES/ NEP”. Nastawa ołtarzowa otoczona ramą z liści i owoców oliwki, symbolizującej pokój. W retabulum przedstawiona jest płaskorzeźba ze sceną „Męczeństwo i apoteoza świętego Jana Nepomucena”. W dolnym pasie kompozycji widać męczeństwo św. Jana Nepomucena, na rozkaz króla czeskiego Wacława IV został torturowany, a ciało męczennika wrzucono w 1393 roku do Wełtawy z Mostu Karola w Pradze. Wacław IV był synem Karola IV i Anny wywodzącej się z Piastowskiego rodu książąt świdnicko-jaworskich. Według legendy w miejscu zatonięcia ciała ukazało się na wodzie pięć gwiazd, na pamiątkę tego wydarzenia wizerunki św. Jana Nepomucena zawierają aureolę składającą się z pięciu gwiazd, które odpowiadają liczbie liter wyrazu „TACUI” – milczący. Święty został pochowany w katedrze św. Wita w Pradze.
Centralne miejsce w ołtarzu zajmuje apoteoza świętego, przedstawionego w szatach kapłańskich (sutanna, rokieta, mantolet, stuła i biret). Święty trzymający krzyż unosi się na obłoku do nieba.
Na gzymsie trójkątnego naczółka ołtarza aniołek wskazujący na żurawia z gałązką palmową oraz kamieniem w dziobie – symbol nieustannej czujności przed pokusami. Drugi aniołek przykłada palec do ust, symbol milczenia, tu zachowania tajemnicy spowiedzi.
Święty Jan Nepomucen żył w 2. poł. XIV wieku. Studiował prawo kanoniczne, filozofię i teologię. Był kanonikiem w Pradze, następnie wikariuszem generalnym arcybiskupa praskiego Jana z Jenśtejna. W wyniku konfliktu między królem Wacławem IV a Janem Nepomucenem, który zatwierdził wybór opata w klasztorze w Kladrubach mimo sprzeciwu monarchy, Nepomucena uwięziono i stracono. Późniejsza legenda głosi, że powodem uwięzienia była odmowa ujawnienia tajemnicy spowiedzi drugiej żony monarchy, Zofii Bawarskiej, którą król podejrzewał o niewierność.
Święty Jan Nepomucen jest jednym z najważniejszych świętych czeskich, drugim patronem jezuitów oraz patronem dobrej sławy. Opiekuje się wszystkimi, którzy wykonują pracę związaną z wodą, chroni od powodzi oraz podróżujących. Kult świętego szerzył się już po śmierci jego oprawcy, Wacława IV (1419). Papież Benedykt XIII kanonizował św. Jana Nepomucena w 1729 roku.
Wizerunki św. Jana Nepomucena były obecne w świątyni jezuickiej także ze względu na poczucie związku z królestwem Czech i czeską prowincją jezuitów.