Ołtarz Krzyża Świętego znajduje się w pobliżu prezbiterium, został wykonany przez Johanna Riedla SJ (1654-1736).
Antepedium jest bogato zdobione płaskorzeźbą z wizerunkiem Węża Miedzianego, który był ratunkiem przed śmiertelnym ukąszeniem. Wizerunek węża miedzianego został na polecenie Pana Boga postawiony na palu dla uratowania Izraelitów Lb 21, 9. Jest to prefigura Ukrzyżowanego-Zbawiciela, który ocalił świat od wiecznej śmierci.
W predelli płaskorzeźba „Opłakiwanie Chrystusa” po zdjęciu z krzyża i namaszczenie Boskiego Ciała cennymi olejkami.
W płycinach cokołu ołtarza znajdują się wizerunki Narzędzi Męki Pańskiej: most na Ccdronie upamiętnia przejście Jezusa z uczniami przez potok w drodze do Ogrodu Oliwnego; srebrniki, które otrzymał Judasz za zdradę Jezusa; miecz św. Piotra z uchem Malchusa, stojącego na czele straży cesarskiej, aby pojmać Jezusa zaraz po tym, jak Judasz Go zdradzi. Święty Piotr dobył miecza i w obronie Jezusa obciął Malchusowi prawe ucho. Lecz Jezus go powstrzymał i uczynił cud uzdrowienia ucha, ostatni cud przed Ukrzyżowaniem. Dzban z wodą do umycia rąk Piłata po wydaniu wyroku skazującego Jezusa, rękawica, którą sługa arcykapłana uderzył Jezusa w twarz, kolumna biczowania, kosz z narzędziami Męki Pańskiej, trzcina, którą wręczono Jezusowi jak berło po biczowaniu, oznaczająca wewnętrzne posłuszeństwo Jezusa. Kogut, który zapiał, gdy św. Piotr zaparł się Jezusa jest symbolem zwycięstwa Chrystusa nad ciemnościami nocy. Yeraikon, chusta, którą św. Weronika otarła twarz Jezusa dźwigającego krzyż na Golgotę.
Nastawa ołtarzowa umieszczona jest w ozdobnej wypukłej ramie z motywem liści lauru. Laur to znak sławy i zwycięstwa ludzi świętych, którzy wytrwali prześladowania.
W nastawie przedstawione jest Ukrzyżowanie Chrystusa na tle kłębiastych chmur. U stóp krzyża czaszka, zgodnie z podaniem, że krzyż Chrystusa został postawiony na grobie Adama. Krzyż jest bramą nieba i kluczem do raju.
Nad prawym ramieniem krzyża słońce, nad lewym ramieniem księżyc, symbolizujące Stare i Nowe Przymierze. „Jak (…) słońce i księżyc są dwoma dużymi światłami na sklepieniu nieba, tak dla nas takimi światłami jest Chrystus i Kościół. Aniołki trzymają złote kielichy przy ranach Jezusa. Na wzgórzach rozciąga się panorama Jerozolimy, a przy jej murach palma, symbol sprawiedliwości, zwycięstwa i pokoju. Pod krzyżem przyklęka w rozpaczy Matka Boża, a za Maryją stoi św. Jan.
Ołtarz flankują kolumny jońskie. W trójkątnym naczółku przedstawione są kostki gry i szata Jezusa. W zwieńczeniu alegoria miłosierdzia nawiązująca do wielkiego aktu miłości Jezusa wobec ludzi. Ukrzyżowanie jest dla chrześcijanina najważniejszym wizerunkiem. Chrystus pokonał śmierć na drzewie krzyża ponosząc największą ofiarę za grzeszników.