Krypta usytuowana jest pod prezbiterium kościoła. Została zbudowana w 1. połowie XIV wieku. Wnętrze jest dwunasto-boczne przykryte sklepieniem palmowym wspartym na centralnym wielobocznym filarze granitowo piaskowcowym. Żebra sklepienia profilowane zakończone służkami w formie głów różniącymi się między sobą wyrazem twarzy. Wnętrze oświetlone jest niewielkimi oknami.
W ścianie północnej nawy południowej umieszczone są gotyckie drzwi prowadzące do krypty. Na Śląsku gotyckie krypty występują jeszcze w kościele św. Marcina i w kościele Krzyża Świętego we Wrocławiu.
Jezuici corocznie budowali w krypcie Grób Chrystusa, stąd nazywano kryptę kaplicą grobową.