Nad emporą organową malowidło wykonane przez J.G. Et-gensa (1693-1757) z Brna przedstawia patronów świątyni, a na ścianie północnej i południowej grające anioły i postaci na balkonach z tralkową balustradą na tle iluzjonistycznej architektury z oknami. Są to elementy teatralizacji wnętrza, które je optycznie poszerzają.
Liturgia w kościołach jezuickich przyciągała wiernych bogatą oprawą muzyczną. Jezuici zamawiali do swych kościołów wspaniałe instrumenty organowe.
W 1705 roku powstały nowe okazałe organy, które są dziełem organmistrza S. Siebera z Brna. Instrument był 45 głosowy, miał 4 miechy, wiatrownice klapowo-zasuwkowe, mechaniczną trakturę registratury i klawiatur, utrzymany był w stroju chor-ton. S. Sieber zastosował unikalne wówczas rozwiązanie, dotyczące architektoniki instrumentu.
Sieber ustawił po obu stronach wielkiego okna dwie symetryczne szafy organowe, rozciągające się wzdłuż ścian nawy głównej. Na osi nawy, centralnie na balustradzie umieszczona została szafa pozytywu. Całość instrumentu łączyła traktura mechaniczna. Kontuar jest wolnostojący, usytuowany centralnie, na osi empory organowej, zamykany drewnianą żaluzją. Za wykonanie instrumentu jezuici zapłacili 10 000 talarów.
Prospekt organowy jest naturalnie oświetlony przez wielkie okno fasady zachodniej. Zastosowany tu model organów z dwudzielnym prospektem wykorzystuje światło jako element symboliczny i dekoracyjny. Na Śląsku pierwsze tego typu organy zostały zbudowane w Świdnicy, było to nowatorskie rozwiązanie także w całej prowincji czeskiej jezuitów. Moduł kompozycyjny prospektu organowego oparty jest na wzorach graficznych z traktatu A. Pozza. Prospekt został zbudowany na planie wklęsło-wypukłym. Boczne wieże z zaokrąglonymi gzymsami wysunięte są do przodu, na ściany nawy głównej. Podtrzymują je anielskie atlanty.
Dekorację rzeźbiarską prospektu w latach 1704-1708 wykonał Georg Leonhard Weber (1670/1675), według projektu Jo-hanna Riedla. Prace stolarskie wykonał Zacharias Horke.
Prospekt ozdobiony jest figurami orkiestry anielskiej. W zespole rzeźb jest figura króla Dawida i św. Cecylii. Po bokach prospektu stoją figury Maryi (południe) oraz arcykapłana Symeona z Dzieciątkiem Jezus (północ). Wizerunek łabędzia obok postaci arcykapłana Symeona wiąże się z muzyką. Gdy zbliża się śmierć łabędzia, śpiewa on piękniej niż kiedykolwiek. Symeon trzymający Dzieciątko Jezus na rękach z wielką radością chwali Pana za łaskę doczekania narodzenia Zbawiciela.
Podczas wojny siedmioletniej (1756-1763) organy zostały poważnie uszkodzone. Konserwację wykonał T. Koded z Lubawki w roku 1818. Organy, które obecnie znajdują się w kościele wykonała świdnicka firma Schlag &Sohne w 1908 roku. Instrument zainstalowany został wówczas w południowej i północnej barokowej szafie organowej. Organy mają 46 głosów, wiatrownice stożkowe, trakturę pneumatyczną klawiatur i registratury, miechy fałdowe. Stół gry wbudowany jest w północną szafę organową.