Ołtarz św. Tomasza Apostoła ma prostokątną nastawę w bogatej ramie z motywem liści laurowych, gałązek oliwki i strąków papryki oraz narcyzów, które symbolizują egzotyczne kraje, w których święty prowadził działalność misyjną. Św. Tomasz był rybakiem w Galilei. Po rozesłaniu apostołów udał się do Persji i Indii, aby tam nauczać. Był spragniony wiedzy i bardzo dociekliwy, świątobliwy, wierny i sprawiedliwy.
Apokryfy podają, że miał zbudować pałac króla Guduphary w Indiach. Dlatego drugim atrybutem św. Tomasza jest węgiel-nica. Królewski minister wydał Tomaszowi potrzebne środki na budowę pałacu. Minister królewski w bogatym stroju, w peruce, siedzący przy kantorku z półką książek, wskazuje na list leżący na blacie, zawierający polecenie budowy pałacu. Św. Tomasz przeznaczył jednak środki dla biedaków.
W dolnej części retabulum ołtarza żebrak z jałmużną dziękuje św. Tomaszowi za wsparcie w potrzebie. Tomasz poniósł męczeńską śmierć w Kalaminie w Indiach, został przebity włócznią z rozkazu króla. Inne legendy podają, że został uwięziony i ścięty mieczem. Atrybuty, miecz i kajdanki umieszczone są przy dolnej krawędzi ołtarza. Żaglowiec na wzburzonym morzu zarzucający kotwicę ukazuje środek lokomocji misjonarzy w XVII wieku. W tle widać latarnię morską, która wskazuje drogę żaglowcom. Przed św. Tomaszem złota palma symbolizuje cierpliwość, sprawiedliwość i silną wiarę. W zwieńczeniu ołtarza umieszczone są putta oraz kotwice, symbol nadziei i egzotycznych podróży misyjnych św. Tomasza.
Św. Tomasz jest patronem Indii, Portugalii, Urbino, Parmy, Zamościa; architektów, cieśli, geodetów, kamieniarzy, murarzy, stolarzy, małżeństw i teologów. W sztuce atrybutami św. Tomasza Apostoła są: kątownica, kielich, miecz, serce, kajdanki.
Ołtarz jest dziełem wybitnego rzeźbiarza Johanna Riedla jezuity. Ołtarz utrzymany jest w biało złotej tonacji, wyróżnia się artyzmem wykonania.